辅酶常通过转移电子或化学基团参与反应，酶底物结合常伴随局部结构调整

蛋白质磷酸化可以改变活性或相互作用。激酶通常催化磷酸基团转移给底物。磷酸酶能够移除底物上的相应磷酸基团。受体蛋白帮助细胞感知特定环境信号。膜受体可把外部信号转化为内部响应。离子通道控制特定离子跨膜流动。通道开放概率可以受电压或配体调节。载体蛋白通过构象变化运输特定物质。

活性位点是酶结合底物并促进反应的区域。酶通过降低反应活化障碍发挥催化作用。酶不会改变反应平衡时的自由能差。酶底物结合常伴随局部结构调整。诱导契合模型强调结合过程中的构象变化。辅因子包括参与酶功能的离子或有机组分。辅酶常通过转移电子或化学基团参与反应。酶活性受到温度酸度与抑制物等影响。

最适温度依赖酶来源与具体测量条件。底物浓度升高时酶反应可能逐渐接近饱和。米氏常数与酶反应模型中的动力学参数有关。米氏常数不能在所有情况下直接等同结合常数。竞争性抑制物与底物竞争相关结合过程。非竞争性等抑制类型具有不同动力学特征。变构调节通过其他结合位点影响酶功能。反馈抑制常由代谢终产物抑制前段反应。

抗体属于能够特异结合抗原的蛋白质。胶原蛋白为多种结缔组织提供力学支持。角蛋白参与形成皮肤附属结构的强度。血红蛋白通过多个亚基协同结合氧。肌红蛋白参与肌细胞内的氧结合与储存。蛋白质溶解性受到表面电荷与环境影响。等电点附近蛋白质净电荷接近于零。盐析利用盐浓度改变蛋白质在水中的溶解性。