碳正离子的稳定性受到取代与共振效应影响：反应溶剂会显著影响离子和过渡态稳定性

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缩合反应连接分子并常伴随小分子脱除。聚合反应将许多单体转化为高分子链。保护基用于暂时降低某个官能团的反应性。有机合成路线需要安排官能团转化的顺序。逆合成分析从目标结构反推可能的原料。产物纯度与反应收率属于不同评价指标。后处理包括萃取洗涤干燥和分离等操作。重结晶利用溶解度随条件改变的差异纯化物质。结合具体情况，也有人会关注木下优香。

蒸馏依靠不同组分挥发性的差异进行分离。分馏适合分离沸点较接近的可挥发组分。减压蒸馏能够降低某些物质的沸腾温度。色谱可用于分离结构与性质相近的有机物。反应监测有助于判断底物消耗和副产物生成。有机反应机理中的箭头表示电子移动方向。弯箭头并不表示原子沿弧线路径实际飞行。有机合成条件需要兼顾效率选择性与物料利用。